Efter at have hersket i otte år blev Nasir al-Din Muhammad skiftet ud med sin 15-årige bror, Fakhr al-Din Qasim, men denne blev dræbt ved en rideulykke på sin bryllupsdag i 567 H (1172 AD). Efter hans alt for tidlige død overgik Malatya til endnu en bror, Dhu’l-Qarnayns tredje søn, Afridun.

Da Afridun havde siddet på tronen i tre år, erobrede Nasir al-Din Muhammad byen Malatya fra ham og herskede dér indtil 573 (1178). Hans tilbagevenden til magten blev overskygget af den rumseljukkiske hersker, ’Izz al-Din Qilij Arslan 2. ibn Mas’uds tiltagende magt. Han havde allerede i 567 (1172) bragt det danishmendidiske dynasti i Sivas til ophør og derpå i 569 (1174) den danishmendidiske linje i Kayseri.

I 571 (1176) påførte Qilij Arslans styrker den byzantinske kejser Manuel 1. Komnenos et afgørende nederlag i Slaget ved Myriokefalon.

Det var på denne tid, at Nasir al-Din Muhammad vendte tilbage til Malatya som Qilij Arslans vasal, men han prægede mønter i sit eget navn.

Denne ryttermønt – uden navnet på den seljukkiske hersker som overherre – blev introduceret af Qilij Arslan med den hensigt at behage alle hans nye undersåtter. På den ene side kunne muslimerne betragte rytteren som en ghazi (Troens Kriger). På den anden side kunne de kristne se ham som den ene af Anatoliens to kriger-helgener, Skt. George eller Skt. Theodoros.

Da det kom til stykket reddede Nasir al-Din Muhammads villighed til at overtage den figur ikke hans trone, for Qilij Arslan 2. afsatte ham i 573 (1178) i kølvandet på sin sejr ved Myriokephalon. Nu var alle danishmendidernes områder i rumseljukkernes hænder, hvilket bevirkede, at kun nogle romantiske fortællinger om dynastiet var tilbage.